此时坐镇在万里之外的广岛“长门”号旗舰上的日本联合舰队司令、日本海军大将山本五十六及时收到了这个信号。山本五十六欣喜若狂道:“天佑帝国，帝国万岁。”
南云忠一:“命令第二波战机立刻起飞。战机起飞后立刻清空甲板等待第一波战机返航。”
第二波80架俯冲轰炸机,54架水平轰炸机和36架护航战斗机。从航母上起飞向珍珠港飞去。
第二波突击机群再次对珍珠港实施突击。
日军联合舰队赤城号航空母舰指挥部内，就是否发起第三波攻击产生了争执。
山口多闻和返航渊田美津雄，强烈建议南云忠一发起第三波攻击。
南云忠一却有些犹豫，原定计划是只发动两波攻击就撤离。而且美军的三艘航母不知去向。如果时间拖地太久可能会有危险。
就在南云忠一犹豫不决时，第二波攻击的结果汇总到南云忠一的面前时南云忠一顿时皱起了眉头。
珍珠港的美军弹药库和油库都完好无损没有被摧毁。如果不能炸毁美军的机场、弹药库、船坞和油料库，对于美军的打击就不够彻底，珍珠港攻击战根本算不上成功。尤其是船坞的完好，难保美军不会迅速完成受损舰艇的修复工作。
南云忠一将目光转向山口多闻和渊田美津雄。
两人表示无论如何都要发动第三波攻击。
而这时远在日本的山本五十六也发来电报，要求不惜一切代价发动第三波攻击。
进过半小时的争执南云忠一最终做出了与原来不同的选择，发起的第三波攻击。而第三波攻击也是最致命的。美军珍珠港的机场，弹药库、船坞和油料库被彻底摧毁。
日军第三波攻击在11时50分结束。
日本对珍珠港的突袭以损失飞机49架、特种潜水艇5艘的微小代价，炸沉炸伤美停泊在港内的全部8艘战列舰和10余艘其他大型舰只、30余艘中小型舰艇，击毁美机约280多架，毙伤美4500余人，摧毁了港内几乎所有设施、岛上的大部分设施包括油料库、弹药库，船坞，取得巨大战果。美太平洋舰队遭此打击，完全丧失了元气。在此之后日本联合舰队在东南亚和西南太平洋猖獗一时。美军不得不暂避锋芒。
被日军空袭后的珍珠港，原本宁静祥和的港口，现在成了充满硝烟、烈焰与死亡的炼狱，到处都是东倒西歪、扭曲破裂的舰体，以及在海面厚厚的浮油中竭力挣扎的水兵。
岸上被炸毁的弹药库浓烟直冲云霄，油料库被炸毁油料随着爆炸四处飞溅，整个港口化为一片火海。
珍珠港事件发生后的第二天，美国总统罗斯福在国会中做出了着名的“国耻”演讲，要求国会宣布，美国与日本处于战争状态，太平洋战争全面爆发了。
随即轴心国国纳粹德国，意大利，日本向美国宣战，二次世界大战规模扩大到了最大。
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